داستان این بازی به موزات و همزمان با ماجراهای دکتر گوردون فریمن در نسخه اصلی Half life 2 سپری می شود با این تفاوت که در این قست از بازی شما در نقش دکتر جان بکید بازی می کنید که به همراه گروه بزرگی از انسان های این منطقه در شهری قرنطینه شده و تحت محافظت به نام City 13 نگهداری می شود . یک روز صبح که او مثل همیشه از خواب بیدار شده و در زندان بزرگ خود منتظر سرنوشت نامعلومش می نشیند ناگهان Gman یعنی همان مرد شیک پوش و همیشه مرموز در مجموعه بازی های Half life نزد او آمده و به او توضیح می دهد که حاضر است تا با او معامله ای کند . زیرا به نیروهای کمباین و دکتر برین مشکوک است و به همین دلیل به بکید کمک می کند تا بتواند از منطقه قرنطینه شده بگریزد. Deep Black که در نگاه اول به بازی Crysis شبیه است و این شباهت چندان بی دلیل نیست، بازی سبکی همانند این بازی محبوب دارد و ساخته کمپانی قدرتمند آلمانی Biart Studio است. بازی سبکی اکشن – اول شخص شلیک کننده دارد و بسیار هیجان انگیز است. داستان بازی چنین است: دنیا بر سر قدرت دچار درگیری شده است و هر کسی ادعای رهبری می کند و تمام فرماندهان نیروهایی برای خود تدارک دیده اند تا دنیا را به تصرف خود درآورند.وظیفه شما مقابله با این افراد بدخواه است و باید در مقابل آنها ایستادگی کنید تا دنیا را از گزند این افراد حفظ کنید و به شورش ها پایان دهید. در بازی از مدرن ترین و جدیدترین تجهیزات جنگی مثل اسلحه های لیزری و تفنگی و چت پک ها و …. استفاده شده است و قابلیت جدیدی نسبت به سایر بازی ها در این بازی وجود دارد که می توانید در اعماق اقیانوس ها غواصی کنید و می توانید از لوازم مدرن غواصی در مأموریت های خود استفاده کنید.