پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی
با ورود میرزا مهدی اصفهانی به حوزه علمیه مشهد و طرح مباحثی در دفاع از خلوص اندیشه اهل بیت(ع) و بازشناسی آن از اندیشه های فلسفی و عرفانی، جریان فکری تازه ای شکل گرفت که به تدریج حوزه علمیه مشهد را به سیطره خود درآورد.
شاگردان میرزا که راه او را ادامه دادند اغلب این جریان را «مکتب معارفی اصفهان» می نامیدند، ولی بعدها محمدرضا حکیمی عنوان «مکتب تفکیک» را پیشنهاد کرد و به تدریج همین عنوان در محافل علمی رواج یافت.تاکنون آثار فراوانی در دفاع یا نقد مکتب تفکیک فراهم آمده است.
در «کتاب شناسی توصیفی مکتب تفکیک» تمامی کتاب ها، مقالات، نسخه های خطی و پایان نامه های مرتبط با مکتب تفکیک تا سال 1388 معرفی شده است.
کتابگاه مرکز پخش کلی و جزئی انتشارات فرهنگ و اندیشه اسلامی، کانون اندیشه جوان، دانش و اندیشه معاصر، علوم و فرهنگ اسلامی ،آیت اشراق ، الف لام میم ، ادیب فقه جواهری ، مرکز الحضاره ، پژوهشکده مطالعات اجتماعی و فرهنگی ، دارالحدیث ، بوستان کتاب ، پژوهشگاه حوزه و دانشگاه، دانشگاه ادیان و مذاهب ، نشر نی ، اندیشه احسان